Index

_

_rfuncname (rbartpackages.base.RObjectBase attribute)

_robject (rbartpackages.base.RObjectBase attribute)

A

accept (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

alpha (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.missBART.Hypers attribute)

B

bart (class in rbartpackages.dbarts) bart2 (class in rbartpackages.dbarts) bart_machine_get_posterior() (in module rbartpackages.bartMachine) bart_machine_num_cores() (in module rbartpackages.bartMachine) bartMachine (class in rbartpackages.bartMachine) bartModelMatrix (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3)

beta (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) binaryOffset (rbartpackages.BART.PredictBinary attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) burn (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

C

call (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) callback (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) chains (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) class_mu (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

class_trees (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) columns (rbartpackages.base.DataFrame property) confusion_matrix (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) control (rbartpackages.dbarts.dbarts property) copy() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) cov_prior_vec (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) cutpoints (rbartpackages.BART.TreeDraws attribute) (rbartpackages.BART3.TreeDraws attribute)

D

data (rbartpackages.dbarts.dbarts property) DataFrame (class in rbartpackages.base) dbarts (class in rbartpackages.dbarts)

dbartsControl (class in rbartpackages.dbarts) dbartsData (class in rbartpackages.dbarts) debug_log (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) df (rbartpackages.missBART.Hypers attribute)

E

elapsed (rbartpackages.BART.ProcTime attribute) (rbartpackages.BART3.ProcTime attribute)

extract() (rbartpackages.dbarts.bart method) (rbartpackages.dbarts.bart2 method) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi method)

F

first_k (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) first_sigma (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) first_tau (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute)

fit (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) fitted() (rbartpackages.dbarts.bart method) (rbartpackages.dbarts.bart2 method) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi method) flush_indices_to_save_RAM (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

G

gbart (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3) get_sigsqs() (in module rbartpackages.bartMachine) group_by (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute)

group_by_test (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) grp (rbartpackages.BART.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

H

hostname (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute)

Hyperparams (class in rbartpackages.missBART) Hypers (class in rbartpackages.missBART)

I

impute_miss (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) impute_missingness_with_rf_impute (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

impute_missingness_with_x_j_bar_for_lm (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) interaction_constraints (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) iters (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

J

java_bart_machine (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

K

k (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) (rbartpackages.dbarts.RunSamples attribute)

kappa (rbartpackages.missBART.Hypers attribute)

L

L1_err_train (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) L2_err_train (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) LPML (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

M

max_attempt (rbartpackages.missBART.TreePriorParams attribute) max_y (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) mc_gbart (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3) mem_cache_for_speed (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) mh_prob_steps (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) MH_sd (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) min_node (rbartpackages.missBART.TreePriorParams attribute) min_y (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) misclassification_error (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) missBART2 (class in rbartpackages.missBART)

model (rbartpackages.dbarts.dbarts property) model_matrix_training_data (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) module rbartpackages rbartpackages.BART rbartpackages.BART3 rbartpackages.bartMachine rbartpackages.base rbartpackages.dbarts rbartpackages.missBART mu0 (rbartpackages.missBART.Hypers attribute)

N

n (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) n_chains (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) ndpost (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) new_y_post (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

nu (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_burn_in (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_cores (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_gibbs (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_iterations_after_burn_in (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_rand_samps_in_library (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) num_trees (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) numcut (rbartpackages.BART.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.bartModelMatrix attribute)

O

offset (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

omega_post (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

P

p (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) p_hat_train (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) pdp_out (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) plotTree() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) Posterior (class in rbartpackages.bartMachine) pred_type (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) predict() (rbartpackages.BART.gbart method) (rbartpackages.BART.mc_gbart method) (rbartpackages.BART3.gbart method) (rbartpackages.BART3.mc_gbart method) (rbartpackages.bartMachine.bartMachine method) (rbartpackages.dbarts.bart method) (rbartpackages.dbarts.bart2 method) (rbartpackages.dbarts.dbarts method) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi method) PredictBinary (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3) printTrees() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) prior_alpha (rbartpackages.missBART.TreePriorParams attribute) prior_beta (rbartpackages.missBART.TreePriorParams attribute) prob_rule_class (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) prob_test (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART.PredictBinary attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute)

prob_test_lower (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute) prob_test_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART.PredictBinary attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute) prob_test_upper (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute) prob_train (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) prob_train_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) proc_time (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) ProcTime (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3) PseudoRsq (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

Q

q (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.missBART.Hypers attribute)

R

ranef (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) ranef_mean (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) rbart_vi (class in rbartpackages.dbarts) rbartpackages module rbartpackages.BART module rbartpackages.BART3 module rbartpackages.bartMachine module rbartpackages.base module rbartpackages.dbarts module rbartpackages.missBART module reg_mu (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

reg_trees (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) replace_missing_data_with_x_j_bar (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) residuals (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) rfunction() (in module rbartpackages.base) rho (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) rm_const (rbartpackages.BART.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) rmethod() (in module rbartpackages.base) rmse_train (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) RObjectBase (class in rbartpackages.base) rproperty() (in module rbartpackages.base) run() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) run_in_sample (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) RunSamples (class in rbartpackages.dbarts)

S

s_sq_y (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) sampleNodeParametersFromPrior() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) sampleTreesFromPrior() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) seed (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) serialize (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) set_bart_machine_num_cores() (in module rbartpackages.bartMachine) setControl() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setData() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setModel() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setOffset() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setPredictor() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setResponse() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setSigma() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setTestOffset() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setTestPredictor() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) setTestPredictorAndOffset() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) shape (rbartpackages.base.DataFrame property) show() (rbartpackages.dbarts.dbarts method) sig_sq_est (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) sigest (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute)

sigma (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) (rbartpackages.dbarts.RunSamples attribute) sigma_ (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) sigma_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) state (rbartpackages.dbarts.dbarts property) String (class in rbartpackages.base) sys_child (rbartpackages.BART.ProcTime attribute) (rbartpackages.BART3.ProcTime attribute) sys_self (rbartpackages.BART.ProcTime attribute) (rbartpackages.BART3.ProcTime attribute)

T

tau (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) tau_b (rbartpackages.missBART.Hypers attribute) test (rbartpackages.dbarts.RunSamples attribute) thin (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) time_to_build (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) to_numpy() (rbartpackages.base.DataFrame method) train (rbartpackages.dbarts.RunSamples attribute) training_data_features (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) training_data_features_with_missing_features (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

TreeDraws (class in rbartpackages.BART) (class in rbartpackages.BART3) treedraws (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) TreePriorParams (class in rbartpackages.missBART) trees (rbartpackages.BART.TreeDraws attribute) (rbartpackages.BART3.TreeDraws attribute)

U

use_missing_data (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) use_missing_data_dummies_as_covars (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) use_xoshiro (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

user_child (rbartpackages.BART.ProcTime attribute) (rbartpackages.BART3.ProcTime attribute) user_self (rbartpackages.BART.ProcTime attribute) (rbartpackages.BART3.ProcTime attribute)

V

V (rbartpackages.missBART.Hypers attribute) var_imp (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) varcount (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) (rbartpackages.dbarts.RunSamples attribute) varcount_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

varprob (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) varprob_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) verbose (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute)

X

X (rbartpackages.BART.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.bartMachine.Posterior attribute) x (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)

x_test (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) x_train (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) xinfo (rbartpackages.BART.bartModelMatrix attribute) (rbartpackages.BART3.bartModelMatrix attribute)

Y

y (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) y_hat (rbartpackages.bartMachine.Posterior attribute) y_hat_posterior_samples (rbartpackages.bartMachine.Posterior attribute) y_hat_train (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) y_impute (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) y_levels (rbartpackages.bartMachine.bartMachine attribute) y_miss_accept (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) y_post (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) y_pred (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute) yhat_test (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART.PredictBinary attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.PredictBinary attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) yhat_test_lower (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) yhat_test_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute)

yhat_test_upper (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) yhat_train (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) yhat_train_lower (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) yhat_train_mean (rbartpackages.BART.gbart attribute) (rbartpackages.BART.mc_gbart attribute) (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart attribute) (rbartpackages.dbarts.bart2 attribute) (rbartpackages.dbarts.rbart_vi attribute) yhat_train_upper (rbartpackages.BART3.gbart attribute) (rbartpackages.BART3.mc_gbart attribute)

Z

z_post (rbartpackages.missBART.missBART2 attribute)